MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP4

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020563	GCC	2	6	2	7	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_020563	TCCCC	2	10	32	41	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
3	NC_020563	TGC	2	6	83	88	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020563	CG	3	6	1037	1042	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_020563	GCC	2	6	1048	1053	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_020563	TCG	2	6	2102	2107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020563	GTC	3	9	2122	2130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020563	GCG	2	6	2174	2179	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020563	GC	3	6	2202	2207	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020563	AGT	2	6	2259	2264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020563	AGC	2	6	2340	2345	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020563	TGC	2	6	2402	2407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020563	CAT	2	6	2433	2438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020563	CTC	2	6	3682	3687	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020563	GGAC	2	8	6025	6032	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_020563	A	6	6	7181	7186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020563	ATC	2	6	7236	7241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020563	TGCC	2	8	7569	7576	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_020563	CCG	2	6	7599	7604	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_020563	GGC	2	6	7617	7622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020563	AGCG	2	8	7665	7672	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_020563	GACG	2	8	7706	7713	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020563	CGC	2	6	7714	7719	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_020563	ATT	2	6	7803	7808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020563	GGA	2	6	7852	7857	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020563	TGC	2	6	7861	7866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020563	AGC	2	6	7960	7965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_020563	CGTCC	2	10	8740	8749	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_020563	GAT	2	6	8776	8781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020563	CGGC	2	8	8815	8822	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_020563	GGAC	2	8	9424	9431	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_020563	GCC	2	6	10233	10238	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_020563	CGA	2	6	10288	10293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020563	GCT	2	6	11353	11358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_020563	GGC	2	6	12368	12373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020563	TCCG	2	8	13172	13179	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_020563	GTCA	2	8	13720	13727	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020563	ATG	2	6	14547	14552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020563	CGC	2	6	15266	15271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_020563	CCA	2	6	15387	15392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_020563	TGC	2	6	15429	15434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020563	GCTG	2	8	15435	15442	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020563	GTC	2	6	15574	15579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_020563	AGCC	2	8	15605	15612	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_020563	GAC	2	6	15619	15624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_020563	AGAC	2	8	16320	16327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020563	AT	3	6	16448	16453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020563	AGA	2	6	16659	16664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020563	GGC	2	6	16702	16707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020563	CG	3	6	16710	16715	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020563	GCCGG	2	10	16721	16730	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020563	CATC	2	8	16754	16761	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020563	AGGC	2	8	17861	17868	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020563	TCG	2	6	17885	17890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020563	CG	3	6	17889	17894	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020563	GGAC	2	8	18019	18026	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_020563	GCC	2	6	18828	18833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_020563	GTC	2	6	18858	18863	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020563	TC	3	6	18875	18880	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020563	CGC	2	6	18908	18913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_020563	ATG	2	6	19901	19906	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020563	TCCG	2	8	23494	23501	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020563	GCC	2	6	25620	25625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_020563	GCC	2	6	25640	25645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_020563	GCT	2	6	25682	25687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_020563	GCA	2	6	25695	25700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020563	GGCC	2	8	25737	25744	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020563	TG	3	6	25761	25766	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020563	AAT	2	6	25852	25857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020563	GCC	2	6	26355	26360	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_020563	ATC	2	6	26395	26400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020563	TGT	2	6	26455	26460	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020563	AG	3	6	26509	26514	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020563	GCG	2	6	26532	26537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020563	GGC	2	6	26663	26668	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_020563	CG	4	8	26722	26729	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020563	CTT	2	6	30617	30622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_020563	GC	3	6	30648	30653	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_020563	CT	3	6	30661	30666	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020563	CGC	2	6	30687	30692	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_020563	CG	4	8	30716	30723	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020563	GA	3	6	30763	30768	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020563	GCC	2	6	31078	31083	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_020563	GC	3	6	31084	31089	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020563	CG	4	8	32048	32055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020563	TGC	2	6	32113	32118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020563	CG	3	6	32129	32134	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020563	CGA	2	6	32143	32148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020563	CAG	2	6	32168	32173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020563	CAT	2	6	32357	32362	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020563	ATG	2	6	32385	32390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020563	TCCC	2	8	32402	32409	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
93	NC_020563	GAT	2	6	32510	32515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020563	A	6	6	32543	32548	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020563	GCC	2	6	32552	32557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_020563	TGC	2	6	32580	32585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_020563	CAC	2	6	32686	32691	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_020563	GTG	2	6	32762	32767	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020563	CAAA	2	8	32784	32791	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_020563	CGG	2	6	32800	32805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020563	CAT	2	6	32814	32819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020563	GGA	2	6	32834	32839	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020563	GGC	2	6	32857	32862	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020563	CGG	2	6	32877	32882	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020563	TTC	6	18	32905	32922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020563	GCG	2	6	32935	32940	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020563	CAGG	2	8	32957	32964	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020563	TTC	2	6	33015	33020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.